Es difícil pensar que en esta campaña electoral las violaciones de derechos humanos en Atenco no fueran parte de los cuestionamientos a Enrique Peña Nieto. En las ocasiones en las que se le ha preguntado por los hechos, el candidato del PRI insiste en su responsabilidad personal en el operativo que resultó en el enfrentamiento, y lo que dice fue el legítimo uso de la fuerza por parte del Estado. Sin embargo, en lo que define como su responsabilidad no incluye las violaciones a derechos humanos, a la libertad de expresión, y la impunidad de las autoridades que fueron autores materiales de los hechos.
El 3 de mayo del 2006, después de una negociación en la que el subsecretario de gobierno del Estado de México permitió a un grupo de floricultores instalarse afuera de un mercado en Texcoco, inició la confrontación entre vendedores de flores y policías. No queda claro por qué la autoridad municipal y después la autoridad estatal no reconocieron el acuerdo al que habían llegado los vendedores con el subsecretario de gobierno. Cuando estos vieron que no les permitirían poner sus puestos, recurrieron al Frente de Pueblos en Defensa de la Tierras (FPDT), una organización que había participado en las protestas en contra de la construcción del aeropuerto en Texcoco, para presionar a la autoridad.
En la mañana de ese día hubo un primer enfrentamiento. Como la policía demostró tener más fuerza, lograron que los comerciantes y los integrantes del FPDT (quienes se defendían con palos, machetes, piedras) se replegaran poco a poco hasta quedar encerrados en una casa. La policía no sólo se enfrentó a los manifestantes, también a periodistas: “Un policía...gritó que agarraran al de la cámara y lo señaló, por lo que como diez policías lo tiraron al piso y lo empezaron a patear...e intentaron quitarle su cámara".